Was am 23. Mai 1618 mit dem Prager Fenstersturz begann, entwickelte sich zu einem dreißig Jahre dauernden Religions-, Stände- und Staatenkonflikt auf dem Gebiet des Heiligen Römischen Reichs Deutscher Nation.
Bereits 1618, im ersten Kriegsjahr, bestand die Gefahr, dass die Böhmen in den Tullner Raum einmarschieren. Diese Gefahr ging vorbei, aber bereits im Mai 1619 stießen die Böhmen gegen Wien vor. Nun wurden alle Zillen vom Nordufer der Donau und die Schiffsmühlen bei Tulln auf die Südseite gebracht. Ein Strom von Flüchtlingen aus den Orten nördlich der Donau (Stockerau, Ravelsbach usw.) zog nach Tulln, um sich vor den gefürchteten Böhmen zu retten. Großriedenthal wurde 1620 ganz eingeäschert. Als sich die Böhmen wieder zurückgezogen hatten, wurde das Land nördlich der Donau von den kaiserlichen Truppen wie ein erobertes Land behandelt und ein neuer Flüchtlingsstrom wurde nach Tulln getrieben.
Das Tullner Feld hatte dann einige Jahre Ruhe und der Krieg wurde in weit entfernten Gebieten ausgetragen. Trotzdem litt die Bevölkerung unter hohen Steuern, Naturalabgaben und Bedrängung durch die eigenen Truppen.
Die letzten Jahre des Krieges zogen den Bezirk wieder in starke Mitleidenschaft. 1642 begannen die Schweden, die kaiserlichen Truppen nach Niederösterreich zurückzudrängen. Der Schwedenführer Torstensson verlegte sein Quartier im April 1645 ins Schloss Grafenwörth und seine Gruppen rückten bis Wien vor.
Die Grafenwörther flohen auf die Insel Kriegau bei St. Johann, dessen Ortsteil Santl von den Schweden vollständig zerstört und danach nicht mehr aufgebaut wurde. Auch Kollersdorf und Winkl sind von den Schweden zerstört worden. Ebenso plünderten die Truppen Torstenssons in Neustift. In Gösing erinnert ein Bildstock an die schwere Zeit.
Die kaiserliche Armee lag südlich der Donau. „Kein Bürger traute sich vor die Tore, kein Vieh war auf dem Felde, es mußte im Stall verhungern; alles Holz, Stadel, Zäune und Brunnendächer wurden verbrannt, alles verwüstet“, klagte der Tullner Rat rückblickend im Jahr 1663. Bis 1647 hielten die Schweden mit ihren Besatzungen in Korneuburg und Krems die Bevölkerung in Angst und Schrecken.
Mit dem lang ersehnten Kriegsende hatten aber die schrecklichen Drangsale der Bevölkerung noch immer kein Ende gefunden. Die Landsknechte, die nach dem Friedensschluss im Jahr 1648 entlassen wurden, zogen häufig als Räuber von Ort zu Ort und plünderten und raubten zum Schrecken der Bewohner. Auch militärische Einquartierungen waren an der Tagesordnung.